浸出得到的毛油中含有大量杂质和有害物质，如水分、悬浮杂质、胶溶性杂质、脂溶性杂质以及有毒有害物质（如芥子苷、黄曲霉毒素等）。
因此，需要对毛油进行净化处理，包括水洗脱胶、碱炼脱酸、真空脱水、吸附脱色、真空脱臭等工艺步骤，以去除杂质和有害物质，提高油品的品质和安全性。
脱酸：即用碱液中和油：中的游离脂肪酸，起到脱酸、脱色，脱杂质的作用。碱炼的程序是将油脂放在锅中用小火加热，消除气泡，倒入预先调栅好的碱液，搅拌均匀，产生皂化反应，待出现游离状态的皂粒后，边加热边搅拌，在短时间内使油温上升至50一60℃，停止加热和搅拌，静置24小时，取出上层清油，再加热到100—105℃，去掉残留水分。
脱色：根据需要而定，当用户要求去掉色素时，可进行脱色处理。脱色采用漂白粉，酸性白土、硅藻土或活性炭嗫附。脱色程序是将玉米油倒入脱色罐中，池加热搅拌边添加吸附剂。待认为色泽适宜时，用压滤机过滤，即得脱色玉米油。
脱臭：有真空蒸汽脱臭法。气体吹入法、加氢法和聚合法等，其中效果最好，最常使用的是真空蒸汽脱臭法。真空蒸汽脱臭，即水蒸汽蒸馏脱臭。当水蒸汽通过含有臭味组分的油脂时，气，液面接触，水蒸汽被挥发出来的醛、酮、游离脂肪酸等低沸点臭味组分所饱和，并按其分压的比例逸出，从而去掉油脂中所含的臭味;主要设备有脱臭锅，冷凝器和真空泵等。
脱蜡：用压滤机除掉油脂中的一元醇与高级脂肪酸钩结合物。由于玉米胚芽油的蜡质含量底，在水化前过滤除去一部分蜡，所以对食用没有影响，因此国内油厂大多不进行玉米油脱蜡处理。
